O Refúgio da Ilha situa-se no distrito de Lobata, na ilha de São Tomé, no arquipélago de São Tomé e Príncipe, no Golfo da Guiné, África Ocidental. Lobata é conhecida pelas antigas roças, as plantações coloniais de cacau e café que marcaram a economia da ilha durante décadas.
São Tomé e Príncipe é um dos países mais pequenos de África, com uma paisagem vulcânica exuberante, praias de areia negra e vegetação tropical densa, sendo considerado um dos destinos de ecoturismo menos explorados do continente.