Il Refúgio da Ilha si trova nel distretto di Lobata, sull'isola di São Tomé, nell'arcipelago di São Tomé e Príncipe, nel Golfo di Guinea, Africa occidentale. Lobata è nota per le antiche roças, le piantagioni coloniali di cacao e caffè che hanno segnato l'economia dell'isola per decenni.
São Tomé e Príncipe è uno dei paesi più piccoli dell'Africa, con un paesaggio vulcanico rigoglioso, spiagge di sabbia nera e una fitta vegetazione tropicale, considerato una delle mete di ecoturismo meno esplorate del continente.