Le Refúgio da Ilha se trouve dans le district de Lobata, sur l'île de São Tomé, dans l'archipel de São Tomé-et-Principe, dans le golfe de Guinée, en Afrique de l'Ouest. Lobata est connue pour ses anciennes roças, les plantations coloniales de cacao et de café qui ont façonné l'économie de l'île pendant des décennies.
São Tomé-et-Principe est l'un des plus petits pays d'Afrique, avec un paysage volcanique luxuriant, des plages de sable noir et une végétation tropicale dense, considéré comme l'une des destinations d'écotourisme les moins explorées du continent.