El Refúgio da Ilha se sitúa en el distrito de Lobata, en la isla de Santo Tomé, en el archipiélago de Santo Tomé y Príncipe, en el golfo de Guinea, África Occidental. Lobata es conocida por sus antiguas roças, las plantaciones coloniales de cacao y café que marcaron la economía de la isla durante décadas.
Santo Tomé y Príncipe es uno de los países más pequeños de África, con un exuberante paisaje volcánico, playas de arena negra y densa vegetación tropical, considerado uno de los destinos de ecoturismo menos explorados del continente.