El Blu Galapagos se sitúa en la Avenida Manuel J. Calle, en Cuenca, ciudad colonial en los Andes del sur de Ecuador, declarada Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO. El centro histórico conserva una arquitectura española bien preservada, con iglesias, patios interiores y fachadas coloridas a lo largo del río Tomebamba.
Cuenca es también reconocida por su producción tradicional del sombrero de paja toquilla, popularmente conocido en el extranjero como sombrero panamá, una artesanía originaria de esta región de los Andes ecuatorianos.