Blu Galapagos liegt an der Avenida Manuel J. Calle in Cuenca, einer Kolonialstadt in den Anden im Süden Ecuadors, die zum UNESCO-Weltkulturerbe gehört. Das historische Zentrum bewahrt gut erhaltene spanische Architektur mit Kirchen, Innenhöfen und bunten Fassaden entlang des Flusses Tomebamba.
Cuenca ist zudem bekannt für die traditionelle Herstellung des Toquilla-Strohhuts, im Ausland populär als Panamahut bezeichnet, ein Handwerk, das in dieser Region der ecuadorianischen Anden seinen Ursprung hat.